第三季将采用一种非常罕见的方式播出：从5月19日到5月21日，用三天时间将全部10集播完。第一天4集，此后每天3集。该剧已提前获得第四季续订，这是该剧的最后一季。
3×01《Mother》：在2163年的世界末日中，Cole不顾一切地寻找Titan。与此同时，被抓住的Railly被迫做出一个艰难的选择。十二猴子军等待着「见证者」（The Witness）的降临。
3×02 《Guardians》：Cole和Jones前往第一次世界大战结束后的法国寻找Jennifer Goines，他们遭遇一个危险的时间旅行团队：「守护者」（Guardians）。
3×03《Enemy》：Ramse带着一个被俘的宿敌回到基地，信任的基础面临考验。Cole和Jones为了得到真相会做出哪些事情？
3×04《Brothers》：Ramse和Cole鼓起勇气前往2007年—...
